DNAマイクロアレイ及びプロテオミクス技術は、病状などと重要な相関性の変化パターンを調節する遺伝子やタンパク質の検出を可能にしました。しかしながら、これらの変化が細胞に対して顕著であるという保障はありませんでした。フェノタイプマイクロアレイは細胞などのレベルで必要とされる情報を提供する補完的な技術です。
フェノタイプマイクロアレイは、遺伝子機能の同定、薬剤ターゲットの評価、最適化や毒性研究の総合的な細胞プロファイルを提供します。遺伝子変化又はリード薬剤に対する暴露の後に、変化の細胞内応答を直接評価できます。
現在のところフェノタイプシステムは微生物及び菌類に対して使用できます。哺乳動物細胞用のプレートも開発中です。

フェノタイプマイクロアレイは画期的なテクノロジーです。細胞のHTS用の装置やソフトウエアを統合した細胞アッセイシステムです。
テクノロジーとテストプロセスを下のFigure 2に示します。BioLog社はアレイセットにおける発現系テストの幅広い範囲を事前に構成します。アレイの各ウェルには異なった発現系に対するテストの培地がセットされています。前培養した標準細胞懸濁液をマイクロアレイの各ウェルに入れるだけで、様々なタイプの発現系のテストを1度に行うことが出来ます。マイクロアレイは通常24時間培養されます。

フェノタイプマイクロアレイは、ユニバーサルなレポーターとして細胞の呼吸による、酸化還元化学を用いて評価(特許取得)します。ウェル内で強ポジティブな発現系があるならば、テトラゾリウム染料が還元され、強く発色(Figure 2左側)します。弱ポジティブ又はネガティブならば、固有は遅くなるか、停止し、発色が弱いか、発色しません。酸化還元反応により、発現系の頻度と精度の高い定量が可能になります。
培養及び発現系データの記録は、1時間に複数回マイクロアレイのデジタルイメージを撮影可能で、発色の変化を定量的にPCに保存するOmniLogシステムにより実行されます。データファイルはカイネティクスグラフの形式で表示されます。OmniLogシステムにより数千の発現系データ及び24時間の測定の間に記録される最大45万データポイントが同時にモニターされます。
二つの細胞ラインの発現系を比較するために、片方は赤色のトレースとして、もう一方は緑色のトレースとして記録(Figure 2右側)されます。これらのグラフはバイオインフォマティックソフトウエアにより重ねあわされ、直接比較されます。重なっているエリア(変化無し)は黄色で表示され、差が表れているエリアは赤色又は緑色で表示(Figure 2右側及びFigure 3)されます。